Tujuan Madrasah sebagai bagian dari tujuan pendidikan nasional adalah meningkatkan kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut. Adapun tujuan pada Madrasah Aliyah Muhammadiyah Al Manar Pengasih sebagai berikut :

1. Terlaksananya pembelajaran yang profesional, religius, dan menggembirakan
2. Masifnya pembimbingan dan pengembangan kreatifitas Murid sesuai dengan bakat dan minat Murid.
3. Hadirnya pelayanan yang profesional, ramah, berkeadaban, dan terpadu untuk peserta didik, orang tua/wali peserta didik, dan warga madrasah
4. Adanya sarana dan prasarana yang lengkap guna mendukung setiap proses pembelajaran peserta didik
5. Mampu mengantarkan peserta didik menjadi muballigh-muballighat yang berkemajuan
6. Luasnya kemitraan dan kolaborasi dengan semua pihak sesuai dengan visi dan misi madrasah